Berdasarkan Surat Keputusan (SK) Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu
Pengetahuan No. 151 tahun 1964 tanggal 9 Nopember 1964, Faperta UNEJ
menjadi salah satu Fakultas di lingkungan Universitas Jember dengan lima
jurusan yang dikelola, yaitu Budidaya Pertanian, Sosial Ekonomi Pertanian, Ilmu
Tanah, Teknologi Pertanian, serta Hama dan Penyakit Tumbuhan, namun sejak
tahun 1997 Faperta UNEJ hanya mengelola empat jurusan karena adanya
pemekaran Fakultas yang menyebabkan Jurusan Teknologi Pertanian tidak lagi
di bawah Faperta.
Menindaklanjuti SK Dirjen Dikti No. 163/DIKTI/Kep/2007 tanggal 29
Nopember 2007 tentang Penataan dan Kodifikasi Program Studi pada Perguruan
Tinggi, maka sejak tahun 2008 Faperta UNEJ membuka dua Program Studi (PS)
baru, yaitu PS Agroteknologi (SK Rektor Universitas Jember No.
8228/H25.PS.8/2008) dan PS Agribisnis (SK Rektor Universitas Jember No.
8229/H25.PS.8/2008). Sesuai Surat Dirjen Dikti No. 32/D/T/2010, perihal
penggabungan Program Studi bidang Pertanian tanggal 12 Januari 2010, PS
Agroteknologi merupakan gabungan dari PS Budidaya Pertanian, Ilmu Tanah dan
Ilmu Hama dan Penyakit Tumbuhan, sedangkan PS Agribisnis merupakan
perubahan dari PS Sosial Ekonomi Pertanian/Agribisnis.
Secara khusus, sebelum penggabungan Program Studi di Faperta, pada
tahun 2005 Program Studi Ilmu Tanah memperoleh Akreditasi Prodi nilai “A” dari
Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi dengan nomor sertifikat 07596-
07596/AKIX-S1-017/UJXITN/X/2005 yang berlaku mulai 13 Oktober 2005 sampai
13 Oktober 2010. Dengan berlakunya SK Dirjen DIKTI No. 163 Th 2007 tentang
Penataan dan Kodifikasi Prodi di PT dan SK Rektor Universitas Jember No.
8228/H25/PS.8/2007 tentang PS Agroteknologi maka kegiatan pembelajaran di
Prodi Ilmu Tanah tidak lagi diberlangsungkan. Akan tetapi Sumberdaya Ilmu
Tanah (Jurusan, Laboratorium, Dosen dan Tenaga Kependidikan serta Sistem
Tata Kelola) masih dipertahankan dan terlibat secara langsung pada proses
pendidikan di PS Agroteknologi.
Berdasarkan Permendikbud No. 154 tahun 2014 tentang nomenklatur
rumpun ilmu (perubahan nama prodi, kode prodi, internasional term, gelar utama,
singkatan gelar), yang telah diundangkan tanggal 17 Oktober 2014, dan Surat
Edaran Direktur Pembelajaran dan Kemahasiswaan 0404/E3.2/2015 perihal
Rumpun Ilmu Pengetahuan dan Teknologi serta gelar lulusan Perguruan Tinggi,
maka pada tahun 2015 Pimpinan Universitas Jember mengajukan pengaktifan
kembali Prodi Ilmu Tanah secara online.
Pada Tahun 2016, Faperta UNEJ mengajukan usulan ke Menteri Riset,
Teknologi dan Pendidikan Tinggi (Menristekdikti) untuk mengaktifkan kembali PS
lama yang ada di jurusan di lingkungan Faperta UNEJ, yaitu PS Ilmu Tanah tetap
dengan nama PS Ilmu Tanah, PS Hama dan Penyakit Tumbuhan menjadi PS
Proteksi Tanaman, PS Budidaya Pertanian menjadi PS Agronomi. Selain itu, juga
mengusulkan PS baru, yaitu PS Ilmu Pertanian, PS Penyuluhan Pertanian, dan
PS Peternakan. Menindaklanjuti permohonan tersebut, pada awal tahun 2016
UNEJ mengajukan pengaktifan PS Ilmu Tanah secara online sesuai persyaratan
usulan Program Studi baru. Pada September tahun 2016 keluar Surat Keputusan
Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi RI Nomor 246/KPT 1/2016
tentang Pembukaan PS Ilmu Tanah Program Sarjana pada Universitas Jember di Kabupaten Jember. SK Menristek-Dikti ini memberikan legalitas bagi PS Ilmu
Tanah untuk menyelenggarakan Program Studi Ilmu Tanah Program Sarjana,
dan menghasilkan lulusan sesuai dengan KKNI (Kerangka Kualifikasi Nasional
Indonesia).